学校设有基础医学学院、公共卫生学院、人文社会科学系、药学院、第一至第七临床医学院、口腔医学院、护理学院、成人教育学院（继续教育学院）等附属单位。
国家理科基础科学研究与教学人才培养基地、中国疾病预防控制中心地方病控制中心、国家新药临床试验研究中心、卫生部俄语培训中心、中国医学科学院黑龙江分院、黑龙江省医学科学院等设在我校。
学校设置11个本科专业：基础医学（七年制）、临床医学（七年制、六年制日语医学班、六年制俄语医学班、五年制）、预防医学、口腔医学、麻醉学、医学影像学、护理学、药学、生物技术、公共事业管理、法学（卫生法学方向）。
学校有一级学科博士学位授权点3个（基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学），二级学科博士学位授权点36个，三级学科博士学位授权点50个、硕士学位授权点55个。建有博士后科研流动站5个、博士后科研工作站2个。有国家级重点学科1个，省级重点学科20个，省部共建生物医药国家重点实验室培育基地1个，部省级重点实验室4个，省普通高校重点实验室7个。有国家特聘教授岗位学科1个，省特聘教授岗位学科22个。
学校有教职工7151人，其中有教师2285人。教师中，有专任教师1151名，其中，教授324名、副教授289名、讲师249名、助教289名。有兼职教师1134名，其中，副教授以上教师546名。教师中，有中国工程院院士1人，国务院学位委员会学科评议组成员3人，全国医学专业学位教育指导委员会委员2人，博士生导师132人，硕士生导师456人，国家、卫生部、省有突出贡献的中青年专家20人，享受政府特殊津贴专家104人。获南丁格尔奖教师1人，获中国高校青年教师奖、国家杰出青年科学基金、教育部“高等学校骨干教师资助计划”优秀骨干教师和骨干教师、国家百千万人才工程第一、二层次人选、吴阶平医学研究奖、保罗？杨森药学研究奖、霍英东青年教师基金和青年教师奖、全国留学归国先进个人等29人次。
现有各类在校学生9228名。其中，博士、硕士研究生1593名，本科生4821人，成人教育学生2197人。建校以来，培养学生3万多名，毕业生遍布国内外，涌现出一批知名学者。
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